protenix_build

把 Protenix（结构预测）和 PXDesign（蛋白设计）打成两个可在 NVIDIA GPU 机器上原生安装的命令行工具。交付物是发布 zip；解压后用 install_<app>.sh 完成安装、升级、回退、卸载。不用 Docker、conda，不需要 sudo。

常驻服务（队列、并发、对外接口）是后续阶段的事，本阶段不含。这里两个产物都是命令行工具。

交付物

每个 arch 两个 zip，各自独立：

• protenix_linux_{amd64,arm64}_release_v*.zip
• pxdesign_linux_{amd64,arm64}_release_v*.zip

每个 zip 解压后：

install_<app>.sh        安装/升级/回退/卸载/状态
README.md               使用说明
bin/<app>-run           安装后复制到安装目录的命令入口
conf/<app>.env          运行配置模板
scripts/                安装脚本（install_prefix_*、install_common、weights_reuse）
deps/ patches/          依赖版本覆盖与运行期补丁
src/<app>/ src/SRC_SHA  上游源码快照（不依赖本仓库）
examples/               示例输入
BUILD_INFO.txt          版本、提交、源码 sha

安装后目录（默认 ~/.local/share/<app>）：bin/<app>-run、conf/、data/（权重）、releases/<版本>/（每版一套 venv，current/previous 符号链接指向）。

前置条件

• NVIDIA 驱动 + CUDA 13 工具链（nvidia-smi、nvcc，默认 CUDA_HOME=/usr/local/cuda-13.0）
• uv，能解析 Python 3.14
• 公网访问（pip 依赖、模型权重）

用发布包安装

unzip protenix_linux_arm64_release_v*.zip && cd protenix
./install_protenix.sh install
# PXDesign 同理
unzip pxdesign_linux_arm64_release_v*.zip && cd pxdesign
./install_pxdesign.sh install

换安装目录：PROTENIX_PREFIX=/dir（或 PXDESIGN_PREFIX=/dir）。 复用已有权重跳过下载：WEIGHTS_REUSE_FROM=/已有/prefix/根。 详细步骤（跑一次预测/设计、切模型、FAQ）见各包内 README.md。

从源码构建发布包

git clone <本仓库> && cd protenix_build
git submodule update --init --recursive
./gen_pre_build_config.sh all
./build.sh            # 双 arch 发布包 + 本机安装 prefix/protenix、prefix/pxdesign

build.sh 子命令：

命令	作用
./build.sh pack	只打发布包到 build/upload_tmp_dir/（不跑 GPU/pip）
./build.sh protenix / pxdesign	只在本机装/校验对应 prefix（uv + Python 3.14 + torch cu130）
./build.sh all（默认）	先打包，再装两个 prefix

幂等：已就绪的步骤跳过；FORCE_PACK=1 / FORCE_PROTENIX=1 / FORCE_PXDESIGN=1 强制重做。 发布包交付前先提交、再 FORCE_PACK=1 ./build.sh pack，让 BUILD_INFO.txt 的 commit 对齐 HEAD。 发版（打 tag、上传）走 git_tag.sh 与 GitHub Actions，build.sh 只负责构建。

命令入口

安装后用 <安装目录>/bin/<app>-run：

~/.local/share/protenix/bin/protenix-run pred -i input.json -o out --use_msa false -s 101
~/.local/share/pxdesign/bin/pxdesign-run pipeline --preset preview -i task.yaml -o out --N_sample 2

成功条件：退出码 0、输出目录有 .cif、无 ERR/、GPU 有占用。

两套环境不可合并

protenix 用最新上游；pxdesign 链依赖官方钉死的 Protenix v0.5.0+pxd。两者是独立 venv，分开安装、互不影响。

更多实现口径见 docs/design.md；机器验收记录见 docs/acceptance_*.md。